Biyomühendislik alanında belli bir altyapısı olan öğrenciye özgün bilimsel araştırma becerileri kazandırmaktır. Bu şekilde ülkemizin diğer gelişmiş ülkelerin seviyesine yetişmek için gereksinim duyduğu uzman bilim adamı sayısındaki eksiklikleri giderilmiş olmaktadır. Biyomühendislik ve Biyoteknoloji alanlarında güncel ve ileri düzeydeki bilgileri, özgün düşünce ve araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirebilen, bilime yenilik getiren, yeni bir bilimsel yöntem geliştirebilen ya da bilimsel bir yöntemi farklı bir alana uygulayabilen, özgün bir konuyu araştırabilen, kavrayabilen, tasarlayabilen ve uygulayabilen mühendisler yetiştirmektir.
Biyomühendislik mesleğinin gerektirdiği bilgi ve becerilere sahip, ulusal ve uluslararası düzeylerde etkin roller alarak bu bilgi ve becerilerini insanlık yararına kullanabilecek, mesleki ve etik sorumluluk sahibi mühendisler yetiştirmektir. Ayrıca,temel bilimler ve mühendislik uygulamaları konularında özgün araştırmalar yürüterek bilim ve teknolojinin ülkemizde ve dünyada gelişmesine ve yayılmasına katkıda bulunmaktır. Buradaki en büyük hedefimiz; kurumsal destekli, endüstri destekli veya araştırmalar yapmaya yönlendirecek (TÜBİTAK, DPT, AB programları, Kalkınma Ajansı v.b. kurum ve kuruluşlara projeler sunarak) koşulları sağlamaktır. Böylece, Ulusal ve uluslararası toplumun ihtiyaç duyduğu bilgi ve teknolojileri üretmek ve yaymak kolay olacaktır. Sonuçta ülkemiz, bilimsel ve teknolojik çözümler üreterek, ithal edilen bilgi ve teknoloji ihtiyacını azaltacaktır.
